Das Gesetz sieht vor, dass es beim Einsatz von Brennstoffen in Anlagen, die bereits dem europäischen Emissionshandel (EU-ETS) unterliegen, keine Doppelbelastung geben soll (§ 7 Abs. 5 BEHG). Wie das genau ausgestaltet wird, ist allerdings noch nicht ganz klar, da die entsprechenden Durchführungsverordnungen (BEHV / BeV2022) noch nicht verabschiedet wurden.
Die Abwicklung der EU-ETS Zertifikatsbeschaffung liegt beim Anlagenbetreiber. Die Zertifikatsbeschaffung im nEHS liegt beim Energieversorger. Problem dabei ist, dass in der Regel erst nach dem Lieferjahr ein Nachweis über die Brennstoffmenge, die in der EHS-Anlage verbraucht wurde, geliefert werden kann. Das bedeutet, dass der Energieversorger eigentlich erst nach dem Lieferjahr sicher sagen kann welche Mengen nun durch das EU-ETS bereits abgedeckt sind und welche Mengen durch ihn im nEHS mit Zertifikaten beschafft werden müssen. Um diese Anlagen nicht doppelt zu belasten, bedarf es daher einer intensiven Abstimmung zwischen Anlagenbetreiber und Energieversorger.
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